Школа заснована у 1936 році. Під час війни була зруйнована на 80%. З 1946 до 1955 року - жіноча школа. У 1960 р. їй присвоєне ім'я ім. М.І.Пирогова. Двічі добудовувалась: у 1956 та 1976 рр. З 2006 р. за школою закріплено статус спеціалізованої з поглибленим вивченням англійської мови, а з 2008 - "Навчально-виховний комплекс: спеціалізована середня загальноосвітня школа І ступеня з поглибленим вивченням іноземних мов – гуманітарна гімназія №1 імені М.І. Пирогова м. Вінниці".
Педагогічний колектив закладу - це співдружність високопрофесійних, інтелігентних, творчих однодумців, майстрів своєї справи.
Педколектив, методична рада школи спрямовують свою роботу на створення оптимальних умов для забезпечення високого рівня навчально-виховного процесу, покращення дидактично-матеріальної бази кабінетів.
Заклад - єдиний в області з поглибленим вивченням іноземних мов – англійської, німецької, французької. Має ліцензію на факультативні заняття з іспанської, російської мов, основ комп'ютерної грамоти; музики; працює госпрозрахункова школа «Малятко», мета якої – підготовка дітей до школи.
На високий рівень в закладі поставлена робота з обдарованими дітьми, педколектив дбає про розвиток творчого потенціалу кожного учня в умовах особистісно зорієнтованого навчання. У 2009 році за ініціативи творчої групи вчителів іноземних мов було створено газету – методичний вісник «Verba Magistrі», яка у короткий час стала популярною серед учителів, учнів області та тих, хто вивчає іноземні мови.
Серед учнів гімназії – переможці міських, обласних, Всеукраїнських олімпіад з англійської мови, української мови, хімії, математики, фізики, переможці і призери міжнародних вокальних і танцювальних конкурсів, фестивалів.
За результатами ЗНО гімназія серед кращих закладів України, входить у п’ятірку кращих закладів області.