Історія школи розпочинається з 1906 року, коли по вулиці Кірова № 1 була відкрита залізнична однокласна школа на 4 групи. Десятирічною стала в 1935 році. В даному приміщенні розмістилась з 1937 року під назвою Вінницької середньої школи № 16. З 1944 року школа існує під назвою залізничної середньої школи № 13/33. В 1957 році перейменована в залізничну середню школу № 52 Південно-Західної залізничної дороги.
У відповідності до постанови Ради міністрів СРСР № 1115 від 24 жовтня 1960 року „Про передачу залізничних шкіл до складу міністерства освіти СРСР” та рішення виконкому Вінницької міської ради № 53/1498 від 21.12.1960 р. школа перейшла під опіку міського відділу освіти під номером № 32.
Добудована в 1973 році. В 2007 році школі виповнюється 70 років. Документальні матеріали історії школи по особовому складу та довідкового характеру зберігаються в міському архіві з 1944 року.