Одним з основних елементів системи електронного адміністрування ПДВ є запровадження для усіх платників ПДВ окремих спеціальних банківських рахунків. Це цільові рахунки зі спеціальним режимом, на який кошти в сумі ПДВ будуть зараховуватися платниками лише з власного поточного рахунку за певних обставин. Наприклад, з Нового року впроваджується нове поняття «Сума податку, на яку платник має право видати податкові накладні» та законодавчо встановлено формулу розрахунку такої суми. Якщо платник повинен зареєструвати в Єдиному реєстрі податкову накладну, а сума ПДВ у такій накладній більша, ніж сума податку, на яку платник має право її видати згідно з проведеним обрахунком, такий платник зобов’язаний із власного поточного рахунку перерахувати на ПДВ-рахунок суму податку, якої не вистачає. Обчислювати суму податку, на яку платник податку має право зареєструвати податкові накладні та/або розрахунки коригування в Реєстрі буде Державна фіскальна служба України, відповідно, платник податку матиме право отримувати у ДФС інформацію про стан свого електронного рахунка. Крім того, ДФС має оприлюднювати на офіційному веб-сайті алгоритми обрахунку показників формули обчислення зазначеної суми та джерела їх формування.
На рахунок у системі електронного адміністрування податку на додану вартість з власного поточного рахунку платника також будуть зараховуються кошти в сумі податку, отриманого від покупців при проведенні операцій з продажу товарів/послуг за готівкові кошти або при проведенні бартерних (товарообмінних) операцій.
Електронний рахунок відкривається платнику податку Казначейством автоматично на безоплатній основі виключно на підставі реєстру платників, який ДФС надішле Казначейству. Відповідно до вимог ст. 69 ПКУ Казначейство надсилає ДФС повідомлення про відкриття електронного рахунка платника податку не пізніше наступного робочого дня з дня його відкриття. Після надходження такого повідомлення ДФС інформує платника податку про реквізити його електронного рахунка.
Платникам податку, які застосовують спеціальний режим оподаткування відповідно до статті 209 Податкового кодексу України, відкривається єдиний електронний рахунок для обліку сум податку за результатами діяльності, передбаченої зазначеною статтею, та іншої діяльності.
Датою початку здійснення платником податку операцій з використанням електронного рахунка є дата реєстрації його платником податку (для платників податку, зареєстрованих до 1 січня 2015 р., - 1 січня 2015 року).