У разі незгоди з рішенням митних органів щодо визначення митної вартості або митного оформлення, декларант (суб'єкт господарювання) може оскаржити ці рішення у судовому порядку. Якщо у рішенні суду буде констатована хибність рішень чи дій митних органів, які зумовили помилкову або надмірну сплату сум митних платежів, ці платежі повертаються декларанту в порядку і на умовах, встановлених у статті 301 Митного кодексу, статті 43 Податкового кодексу і статті 45 Бюджетного кодексу на підставі його заяви, складеної у довільній формі, яка підписується керівником і головним бухгалтером суб'єкта господарської діяльності або фізичною особою із зазначенням причин повернення коштів, напрямом їх перерахування та відповідним пакетом документів.
Відповідні підрозділи митниці, яка здійснювала оформлення митної декларації, перевіряють обґрунтованість повернення заявлених сум. За умови відсутності передбачених законодавством підстав для неповернення таких коштів, готується висновок про повернення з Державного бюджету України надмірно сплачених митних платежів, який передається для виконання відповідному органу Казначейства.
На підставі отриманого висновку орган Казначейства здійснює повернення декларанту помилково або надміру сплачених сум митних платежів у місячний термін з дня прийняття висновку.