Історія музею ім. М.Пирогова розпочинається 9 вересня 1947 року, коли відбулось урочисте його відкриття. Тоді, 70 років тому, створення цього закладу було приурочене 100-річчю з часу застосування Миколою Пироговим вперше в історії світової медичної практики ефірного наркозу на полі бою.
Початком створення музею стало Урядове розпорядження від 27 жовтня 1944 року, у якому зазначалось: «Організувати в садибі М.І. Пирогова музей його імені і вжити заходів щодо збереження останків М.І. Пирогова».
Сьогодні, 9 вересня 2017 року, із ювілейною датою колектив музею вітали керівники міста та області.
Голова Вінницької облдержадміністрації Валерій Коровій сказав: «Сьогодні надзвичайно велика подія. Всі, хто працює в органах державної виконавчої влади і часто зустрічаються з іноземцями, добре знають, що музей Миколи Пирогова – це одна із перлин Вінницької області. Я ніколи не забуду 2010 року, коли проводився міжнародний з'їзд хірургів «Пироговські читання». Ми дуже чекали цієї події, і я був дуже вражений почутим від учасників цього зібрання. Я бачив, як хірурги, які рятували сотні-тисячі життів, говорили одну просту річ: Микола Пирогов був не просто хірургом, який народжується раз у сторіччя. Він був генієм, який народжується раз в тисячоліття. Тому для всіх хірургів Вінниця – це мекка, куди прагнуть приїхати. І, користуючись нагодою, хотів би подякувати директору і всьому колективу музею за терпіння, за вашу працю, натхнення, оптимізм і за креативність. Насправді, це якраз той випадок, коли історія формує майбутнє».
Вітаючи колектив міський голова Сергій Моргунов сказав, що як історику для нього особливо приємно разом з колективом музею відзначити цей ювілей. «Завдяки Миколі Пирогову Вінниця є столицею хірургії України. Тим більше, що ми маємо потужний медичний університет, і ми всі знаємо, які професійні кадри виходять з нього. Якщо говорити взагалі про музеї, то можу впевнено сказати, що музей Пирогова – це візитівка міста Вінниці, і я знаю, що кожного року все більше і більше сюди приїздить відвідувачів. Тому в кінці минулого і на початку цього року ми побудували нову розв’язку та зробили благоустрій біля центрального входу в музей, - сказав міський голова Сергій Моргунов. – Сьогодні я хочу привітати колектив музею зі святом. Він завжди був сповнений оптимізму, і сьогодні працювати в такому закладі це престижно і відповідально. Я хочу побажати вам, щоб ви отримували задоволення від роботи, від спілкування з відвідувачами, які приїздлять сюди з різних країн світу. І найголовніше, щоб ви пишалися, що живете і працюєте у Вінниці».
Керівники міста та області подарували музею презенти: персональний комп’ютер та лазерний принтер.